Multippeliskleroosin syytä ei tunneta. Sitä pidetään autoimmuunisairautena, jossa elimistön immuunijärjestelmä hyökkää omiin kudoksiinsa. MS-taudin tapauksessa tämä immuunijärjestelmän toimintahäiriö tuhoaa rasva-aineen, joka peittää ja suojaa hermosäikeitä aivoissa ja selkäytimessä (myeliini).
